В 1995-96 годах в Баптистский союз были внесены изменения. Реформа, которая не была разделена рядом церквей. Начало кризиса длилось почти 3 года. В конце 1998 года Баптистский союз был разделен на две части.
Официальное оформление нового союза состоялось в 2004 году. До 2012 года союз возглавляли Гурам Кумелашвили, Леван Ахалмосулишвили, вепхия Цимакуридзе. К тому времени в новый союз входило около 25 церквей.
В 2012 году в Санкт-Вепхии состоялась конференция баптистских церквей, глава союза (президент) Вепхия Цимакуридзе был избран на 3-летний срок в Кварели.
В 2015 году все-таки состоялась отчетно-выборная конференция Союза, на которой президентом Союза был избран Гия Канделаки сроком на 4 года, Гия неоднократно избирался членом союза, главой в 2019 году, еще на 4 года.
В настоящее время в Союзе объединены 28 церквей и 8 групп. Общее количество участников-до 550 человек.
У Союза и его церквей есть официальный реестр, печать и штамп.