1995-96 წლებში ბაპტისტურ კავშირში მოხდა ცვლილებები ე. წ. რეფორმა, რომელიც არ გაიზიარეს რიგმა ეკლესიებმა. დაწყებული კრიზისი გაგრძელდა თითქმის 3 წელი. ბოლოს 1998 წელს ბაპტისტური კავშირი გაიყო ორ ნაწილად.
ახალი კავშირის ოფიციალური გაფორმება მოხდა 2004 წელს. 2012 წლამდე კავშირს რიგ-რიგობით ხელმძღვანელობდნენ გურამ ქუმელაშვილი, ლევან ახალმოსულიშვილი, ვეფხია ციმაკურიძე. იმ დროისათვის ახალ კავშირში შედიოდა 25-მდე ეკლესია.
2012 წელს გაიმართა ბაპტისტური ეკლესიების კონფერენცია ქ. ყვარელში, სადაც 3 წლის ვადით იქნა არჩეული კავშირის (პრეზიდენტი) ხელმძღვანელი ვეფხია ციმაკურიძე.
2015 წელს კვლავ გაიმართა კავშირის საანგარიშო-საარჩევნო კონფერენცია, რომელზედაც კავშირის პრეზიდენტად არჩეული იქნა გია კანდელაკი 4 წლის ვადით, გია განმეორებით იქნა არჩეული კავშირის ხელმძღვანელად 2019 წელს, კვლავ 4 წლის ვადით.
ამჟამად კავშირში გაერთიანებულია 28 ეკლესია და 8 ჯგუფი. წევრების საერთო რაოდენობა 550-მდე.
კავშირს და მასში შემავალ ეკლესიებს აქვთ ოფიციალური რეგისტრაცია, შტამპი და ბეჭედი.